推动蛋白质组学应用 我国研究人员开发定量蛋白质组学数据分析工具
传感思享者
【化工仪器网 项目成果】近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员张小飞团队开发出定量蛋白质组学数据的下游分析与可视化工具。相关研究成果以DEP2: an upgraded comprehensive analysis toolkit for quantitative proteomics data为题，发表于Bioinformatics。
随着组学技术的发展，在后基因组时代，蛋白质组学已经成为生命科学和生物医学研究的重要手段。蛋白质组学可以对细胞和组织中的成千上万种蛋白质进行全面的定性和定量分析，从而大规模地对蛋白质的表达水平、翻译后修饰、蛋白质相互作用等进行研究。
蛋白质组学是蛋白质组实验和数据分析的结合，数据分析方法对蛋白组学研究有着关键作用。目前定量蛋白质组学以超高分辨率液质联用质谱为基础，其产生的数据具有方法仪器多样、搜库定量软件繁多等特点，导致下游数据的数据非常繁琐困难。
为解决这一问题，研究团队公布了一个可用于处理多种蛋白质组定量软件输入数据的R包DEP2，用于定量蛋白质组学数据下游处理、差异分析和可视化。DEP2是研究团队之前开发的蛋白质组学数据的差异富集分析(DEP)软件包的升级，改进了数据兼容性、可定制性和功能性等方面。
据介绍，DEP2集成肽段至蛋白重定量算法、缺失值填充方法，可用于分析肽段层面和蛋白组层面的定量蛋白质组、修饰蛋白质组数据。同时，DEP2捆绑了以模块化搭建的shiny应用，可以无代码方式同时处理多个蛋白质组学数据。DEP2兼容多类型上游结果，为研究人员处理蛋白质组数据提供了便利。
DEP2 的总体目标是提高蛋白质组学数据分析的效率并消除障碍。它为蛋白质组学数据集提供了一个可重复的串联分析工作流程，包括数据处理、估算、假设检验、结果可视化和下游生物功能探索。研究人员已=将其开源发布在github。
合适的数据分析工具将有效提高蛋白质组分析效率，使蛋白质组学能够更好的满足当前生命科学和医学发展分析蛋白质等生物大分子的需求，从而推动蛋白质组学的应用发展。
(资料来源：科学网)
查看全文
评论0条评论